”Jag vill tacka Dan för hans fantastiska arbete för vårt land. Den tillförordnade chefen presenteras inom kort”, skriver Trump på Twitter.
Som efterträdare kommer Trump att nominera den konservative republikanen John Ratcliffe från Texas.
Coats slutar som underrättelsechef den 15 augusti.
Dan Coats är den senaste i en lång rad ministrar och topptjänstemän som lämnat Donald Trumps administration. Några av dem som har lämnat är försvarsminister Jim Mattis, utrikesminister Rex Tillerson, ministern för inrikes säkerhet Kirstjen Nielsen och Vita husets stabschef John Kelly.