– Det är väldigt tråkigt för fansen, spelarna och även för mig. Vi hade en väldigt dålig dag i dag. Vi spelade inte som ett lag. Det var vårt största fel, säger van Gaal till BT Sport.
Sydkoreanen Sung-Yeung Ki tystade Old Trafford i 28:e minuten. Han kunde ostört rulla in ledningsmålet med sin vänsterfot sedan Unitedförsvaret sjunkit för långt ner mot David de Gea i målet.
Den 3-5-2-uppställning som den nye managern Louis van Gaal tagit med sig från det holländska landslaget fick en jobbig start. Vid målet kom trebackslinjen för långt ifrån varandra och hann inte täta till när Gylfi Sigurdsson enkelt tog sig förbi Ashley Young.
Rooney förlöste Old Trafford
Vid den andra halvlekens start hade Nani kommit in i stället för Javier Hernandez. van Gaal övergick samtidigt till en fyrbackslinje.
I den 53:e minuten kunde sedan en omarkerad Wayne Rooney cykelsparka in 1-1 efter en nickskarv i samband med en United-hörna.
I den 66:e minuten var Rooney ytterst nära att förlösa arenan ytterligare när han träffade utsidan av stolpen på en frispark i utsökt läge.
Men hemmafansen fick inte jubla på nytt.
Bara några minuter senare utbröt i stället vild glädje hos de tillresta Swansea-supportrarna när Gylfi Sigurdsson tryckte in 2-1-målet efter att United-försvaret misslyckats med att nicka undan ett inlägg och bollen landat framför islänningens fötter.
United saknade nio man
United skapade ett par farligheter på tilläggstid som den pigge inhopparen Adnan Januzaj låg bakom. Ett av hans inspel tog på armen på en Swanseaförsvare och publiken skrek efter straff. Men domaren valde att fria och Swansea kunde hålla undan till seger.
United kom till spel med nio man på skadelistan. Med lite mer än en 20 minuter spelade tvingades dessutom talangen Jesse Lingard utgå med en befarad fotskada.
Manchester United hade inte förlorat en hemmapremiär sedan 1972 men nu var det alltså dags igen.
Swanseas seger var deras första någonsin på bortaplan mot Manchester United.
Den holländske demontränaren Louis van Gaal hade kunnat få en roligare PL-debut.
Så startade lagen:
Manchester United (3-5-2): David De Gea; Phil Jones, Chris Smalling, Tyler Blackett; Jesse Lingard, Darren Fletcher, Ander Herrera, Ashley Young; Juan Mata; Wayne Rooney, Javier Hernandez.
Swansea (4-2-3-1): Lukasz Fabianski; Angel Rangel, Jordi Amat, Ashley Williams, Neil Taylor; Ki Sung Yueng, Jonjo Shelvey; Nathan Dyer, Gylfi Sigurdsson, Wayne Routledge; Wilfried Bony