Brasilien ryckte åt sig en tidig ledning och hade 12-6 som mest efter att ha gjort två mål i tom bur då kroaterna satsat på en extra utespelare i sina anfall.
Kroatien jagade desperat i andra halvlek men brassarna höll undan.
Nu har Kroatien kvar att möta stornationerna Frankrike och Tyskland och vägen till semifinal blir tuff.