Nadal fick stryk av Federer för femte matchen i rad i Shanghai söndags.
– Jag lider av ett överbelastat knä och de problemen fanns redan i Shanghai, säger Nadal och gav en förklaring till den bleka insatsen i finalen, enligt Reuters.
Kamp om platsen som världsetta
– Jag har fått rådet av min läkare att vila en tid, säger Nadal som hoppas kunna vara tillbaka till säsongsfinalen ATP-slutspelet i London 12-19 november.
Det pågår ett race om vem som ska bli världsetta mellan Nadal och Federer vid årets slut. Nu har 36-årige Federer chansen att ta in poäng.