I meddelandet skrev tidningens kommentator Kadri Gürsel att det var pinsamt att världsledare hörde av sig till presidenten för att beklaga självmordsattacken i staden Suruç i måndags, då över 30 personer dödades, när det är presidenten själv som är huvudorsaken till Islamiska statens (IS) terrorhandlingar i Turkiet.
Retweetat 3.000 gånger
Tidningen Milliyet sade att Gürsel sparkades eftersom meddelandet inte var i linje med redaktionens etik.
Turkiet har vid upprepade tillfällen anklagats för att samarbeta med IS-extremister i hopp om att extremiströrelsen ska bidra till att störta Syriens president Bashar al-Assad. Regeringen i Ankara tillbakavisar bestämt sådana anklagelser.
Twittermeddelandet har återpublicerats 3.000 gånger.