Den 6 april 2016 avslöjar SVT:s Uppdrag granskning att dåvarande överdirektör Helena Dyrssen ringt till sin före detta kollega på regeringskansliet, tidigare kabinettssekreterare Frank Belfrage, för att varna honom om att Uppdrag granskning begärt ut uppgifter om honom för ett reportage om svenskar som haft obeskattade tillgångar utomlands. Samtalet sker med generaldirektör Ingemar Hanssons vetskap.
Den 16 maj 2016 slår en extern utredning fast att Skatteverkets ledning genom att ringa samtalet agerat olämpligt i förhållande till hur statstjänstemän, chefer och medarbetare bör agera inom Skatteverket. Finansminister Magdalena Andersson svarar att hon har förtroendet kvar för ledningen men att hon ”vill se vad ledningen drar för slutsatser av den kritiken och vilka åtgärder de tänker vidta. Och framför allt hur man ska återskapa förtroendet hos personalen och allmänheten.”
Den 17 november 2016 slutar Helena Dyrssen på Skatteverket, hon vill inte kommentera varför hon lämnar uppdraget drygt två år innan hennes förordnande som överdirektör skulle ha löpt ut.
Den 25 januari 2017 avslöjar Uppdrag granskning att myndighetens ledning försökt hemlighålla telefonloggen med samtalet till Frank Belfrage. Detta genom att belägga underlaget till den pågående utredningen med sekretess och därmed mörklägga skandalen.
Den 22 februari 2017 avslöjar Uppdrag granskning att Hansson agerat juridiskt ombud åt sin särbo i en privat affärstvist, vilket fick motparten, en arkitektfirma, att uppleva situationen svindlande och obehaglig. Hansson själv hävdar dock att han hjälpt sin särbo i egenskap av ombud till närstående, och att han i det avseendet inte missbrukat sin ställning som generaldirektör. Hansson kritiseras hårt för sitt agerande och flera bedömare menar att han inte kommer kunna sitta kvar på sin post.
Den 23 februari 2017 finansminister Magdalena Andersson kallar Hansson till en möte på finansdepartementet. Vid en presskonferens efteråt meddelas att Ingemar Hansson blir av med sitt uppdrag som generaldirektör och omplaceras till finansdepartementet. En ny ledning ska rekryteras till Skatteverket.
Den 1 juni 2017 kritiserar JK agerandet från Skatteverkets högsta ledning i samband med Uppdrag gransknings reportage.