Det var omfattande skador inne i kyrkan efter skadegörelsen, där 26-åringen misstänks för att bland annat ha slagit sönder kyrkorgeln och krossat glas.
På fredagskvällen greps han av polisen och anhölls kort därefter.
– Vi håller förhör med honom nu och ska försöka få honom häktad, säger Micke Hesselberg, inre befäl hos polisen i Karlskrona.
Enligt honom är mannen känd hos polisen sedan tidigare.
”Skadegörelse för ett mycket stort värde”
Direkt efter händelsen sa polisen att man misstänker att gärningsmannen har befunnit sig i kyrkan under natten och larmet utlöstes när han lämnade kyrkan.
– Det rådde stor oordning i kyrkan och vi har inlett en förundersökning om grov skadegörelse. Det handlar om skadegörelse för ett mycket stort värde, sa Fredrik Bratt vid polisens ledningscentral på torsdagsmorgonen.
Skadegörelsen på orgeln stoppar inte det planerade julfirandet i kyrkan.
Trefaldighetskyrkan, som också benämns Tyska kyrkan, är en av två stora kyrkbyggnader på Stortorget i Karlskrona och invigdes 1709.