Mannen, som var i 20-årsåldern, påträffades i anslutning till flygplansvraket vid 10-tiden på onsdagsförmiddagen, enligt Rolf Bergström, inspektör vid sjöpolisen.
Vraket ligger upp och ned på 26 meters djup.
Det var i måndags strax efter klockan 16 som boende vid Siljans nordöstra strand såg hur ett amfibieflygplan som ska ha övat start och landning från vatten plötsligt kraschade ned i Siljan. De båda piloterna ombord var från Tyskland och hade lyft från Siljansnäs.
En man i 60-årsåldern hittades under det tidiga räddningsarbetet men hans liv gick inte att rädda. Den andre piloten, en man i 20-årsåldern, hittades död i anslutning till flygplansvraket av sjöpolisens dykare under onsdagen och bärgades.
Efter att ha lokaliserat och bärgat kroppen utförde sjöpolisen ytterligare ett dyk vid nedslagsplatsen för att bistå Statens Haverikommission med uppgifter om vraket.
