Situtationen har uppstått efter att friskolan inte i tid, sökt tillstånd för att bedriva årskurs 6-verksamhet.
Kommunen vill nu erbjuda eleverna plats på Mariefredsskolan istället.
– Vi har kommit fram till att vi ska invänta Skolinspektionens granskning och jag vill inte kommentera något i väntan på det, säger Andreas Gydingsgård skolchef Strängnäs kommun.
Östnytt har sökt, men inte fått tag i föräldrar, till elever i den aktuella klassen.