Den ene av pojkarna åtalas för våldtäkt i åtminstone fem fall mot den minderårig flickan. Han erkänner händelseförloppet men förnekar brott.
Åklagaren har kallat fyra vittnen för att styrka inför rätten att pojken känt till att flickan varit under 15 år vid tillfällena.
Den andre pojken anklagas för våldtäkt i ett fall mot samma målsägare. Han nekar till att han över huvud taget haft sex med flickan.
Smygfilmat och spridit bilder
16-åringarna åtalas också för flera fall av kränkande fotografering och grovt förtal.
Det handlar enligt åklagaren om att pojkarna har smygfilmat sammanlagt fyra personer, både flickor och pojkar, i sexuella situationer och sedan spridit materialet på sociala medier som Snapchat.
16-åringarna nekar till brott på samtliga tolv punkter.