Kyrkan Divina Misericordia ligger alldeles intill universitetet UNAN i Managua, där protesterande studenter barrikaderat sig.
På lördagen blev själva kyrkan, dit många studenter tagit sin tillflykt, attackerad av regeringssoldater, skriver landets biskopskonferens på Twitter.
Kyrkoledare förhandlade
Två kyrkoledare var på lördagen vid kyrkan för att förhandla fram fri lejd åt ett tiotal studenter som suttit instängda där sedan fredagen.
– Det berättar för oss att vi har två döda och flera sårade, säger kardinal Leopoldo Brenes.
Studenterna tilläts lämna kyrkan och fördes i bussar till katedralen i Managua. Med knutna nävar och viftande flaggor hälsade de hundratal anhängare som hurrade längs vägen.
Nära 300 dödade på tre månader
Demonstrationerna startade i april som en protest mot en mot en senare skrotad förändring av landets pensionssystem, men har nu växt till krav på president Daniel Ortegas avgång.
Han och hans fru Rosario Murillo – landets vicepresident – anklagas för att försöka göra om landet till en diktatur. Över 270 människor har dödats under de tre månadernas oroligheter.