En del av fåglarna hade fått sina huvuden avhuggna, medan andra hade knivhuggits till döds, enligt den tyska dagstidningen Die Welt.
För sju år sen drabbades den tyska djurparken av en liknande tragedi, då fyra flamingor hittades döda under liknande förhållanden. Fallet är fortfarande olöst.
Mänsklig inblandning
Manfred Niekisch, vd för Frankfurt Zoo, kallade händelsen ”chockerande” och anställda på djurparkens sägs vara mållösa.
Fåglarnas inhägnad är centralt placerad i djurparken och skyddas endast av ett halmeterhögt staket.
Knivhugg på fåglarnas kroppar tyder på att en eller flera människor ligger bakom slakten, enligt lokala poliskällor.
Kan ha stulits från zoo
Man undersöker även om fåglarna kan ha attackerats av rävar, något som dock betvivlas av polisens talesman Manfred Füllhardt.
– Skulle en räv göra något liknande? Och skulle den i så fall döda så många djur?
Endast en liten mängd blod ska ha hittats på platsen och polisen överväger nu om fåglarna kan ha stulits från Frankfurt Zoo och dödats på annan plats innan kropparna återbördats till djurparken.