Hövdingen Badu Bonsu II avrättades av makthavarna i dåvarande Guldkusten 1838, dömd för mord på två holländare.
Nederländernas och Ghanas regeringar och en medlem av Badu Bonsus stam ahanta undertecknade i torsdags ett avtal i Haag för överlämnade av huvudet.
Själva huvudet förvarades under ceremonin i ett annat rum på utrikesdepartementet. Ahantastammens nuvarande hövding Nana Kwekwe Darko III genomförde en ritual där alkohol hälldes ut på mötesrummets golv och hövdingens ande anropades. Ghananer klädda i landets sorgefärger rött och svart deltog i ceremonin.
-Vårt folk utsattes för orättvisor och det var därför som vår store kung mördades, sade hövdingen efteråt.
”Skamlig” händelse
Nederländernas utrikesminister Maxime Verhagen sade att man tack vare avtalet kan lägga en ”olycklig och skamlig” händelse bakom sig.
Huvudet har ingått i anatomisamlingen på universitetet i Leiden. Det var en nederländsk forskare som klargjorde dess identitet för några år sedan.
-Fram tills dess visste ingen i Nederländerna om att det fanns, sade historikern Michel Doortmont till AFP.
Ondine Gort på Leidenuniversitetet säger att huvudet aldrig har visats offentligt där. När Ghana fått klart för sig var huvudet fanns krävdes det tillbaka.
Gråtande ättling
En sonsons sonson till den avrättade hövdingen, Joseph Jones Amoah, sade gråtande till journalister efter högtiden att han fortfarande är mycket olycklig.
-Jag är upprörd över att min anfader dödades.
Enligt Amoah förråddes förfadern av makthungriga fiender efter att ha försökt skydda sitt folk mot slavhandeln.