Det är den variant av hjärnsjukdomen Creutzfeldt-Jakobs sjukdom (vCJD) som antas smitta via kött från djur som har galna ko-sjukan.
Över 140 människor har dött i trolig eller bekräftad vCJD efter att ha ätit smittat kött. De flesta fallen har upptäckts i Storbritannien.
Japans hälsodepartement uppger enligt japanska medier att mannen som nu dött var bosatt i Storbritannien 1990.