76-åringen, en av de högst uppsatta katolikerna i världen, har tidigare sagt att han utsatt för ”ett karaktärsmord”.
Pell lämnade inga kommentarer när han anlände till domstolen inför ett stort medieuppbåd, eskorterad av poliser.
LÄS MER: Vatikanens ekonomichef anklagas för sexövergrepp
Fortsätter i oktober
Han var inte skyldig att närvara vid onsdagens inledande förhandling, där advokater och åklagare skulle bestämma nästa datum i domstolsprocessen, som förväntas bli lång.
I domstolen förklarade sig kardinalen ”icke skyldig”, enligt australiska medier. Han väntas nu framträda igen i rätten den 6 oktober. Tidigare har han lovat att försvara sig och ”rentvå sitt namn”.
LÄS MER: Anklagad kardinal tar ledigt för att försvara sig
Efter en två års lång utredning lades anklagelserna mot honom fram i slutet av juni. Polisen har inte preciserat exakt vilka brott han anklagas för, när de ska ha skett eller åldrar på de utsatta, men har sagt att det rör sig om ”flera fall”.
– Jag är inte skyldig till dessa anklagelser. De är falska. Tanken på sexbrott är avskyvärt för mig, sa kardinalen under en presskonferens i Vatikanen samma dag han åtalades.
Hyllats av Påven
Påve Franciskus har hyllat Pells ”ärlighet” och ”integritet”, men också sagt sig ha respekt för det australiska rättssystemet.
Övergreppen ska ha skett när Pell var präst och biskop i Australien på 1970- och 80-talet. Han har varit Vatikanens ekonomichef sedan 2014.