Hon blir därmed första kvinna att sitta som statschef i landet under dess drygt 50-åriga historia som självständig stat.
58-åriga Samba-Panza, som varit borgmästare i Bangui sedan i somras, är utbildad jurist och har en bakgrund som företagare i försäkringsbranschen.
Förre presidenten Michel Djotodia avgick den 10 januari efter att oroligheter blossat upp efter en kupp i mars då Djotodia tillträdde. Han stöddes huvudsakligen av muslimska rebeller.