Tusentals invånare befinner sig redan i skyddsrum och landets meteorologiska institut JMA har utfärdat en ”speciell varning”, något som görs ytterst sällan.
– Maximal vaksamhet krävs, sade Ryuta Kurora, chef för JMA:s prognosenhet på lördagen.
– Vinden kommer att vara så hård att vissa hus kan kollapsa, sa Ryuta Kurora, som även varnade för översvämningar och jordskred.
Hittills har 2,9 miljoner invånare på Kyushu uppmanats att evakuera, enligt myndigheterna, och i prefekturen Kagoshima uppges över 9 000 människor befinna sig på lokala härbärgen. I närliggande Miyazaki omfattas 4 700 personer av evakueringar. Uppemot 100 000 hushåll på ön Kyushu i södra Japan var på söndagen utan el på grund av ovädret.
”Blir starkare”
Evakuering är dock inte obligatoriskt och vid tidigare extrema väderhändelser har myndigheterna kämpat för att övertyga invånarna att ta skydd snabbt nog.
En myndighetsföreträdare i Kagoshima-prefekturen säger att det hittills inte har rapporterats om några skador varken på människor eller byggnader, men att förhållandena snabbt försämras.
– Regnet och vinden blir starkare. Regnet är så kraftigt att man inte riktigt kan se vad som finns där ute. Det ser helt vitt ut, säger han.
Stormen Nanmadol, en så kallad tyfon eller intensiv tropisk cyklon, drar in över Japan under söndagen och tar sig upp mot landets huvudö först på onsdag.
Japans tyfonsäsong pågår just nu, och landet drabbas av cirka 20 liknande oväder per år. Landet drabbas återkommande av kraftiga regn som orsakar skred eller översvämningar.