En person har tagits till sjukhus för rökförgiftning och 70 brandmän bekämpar elden. Bara en handfull personer befann sig i moskén när branden startade.
Enligt The Independent ska halva moskéns bottenvåning brinna och elden har spridit sig till övervåningen.
Vägar har stängts av runt moskén och brandmän uppger att orsaken till branden är ännu oklar.
Baitul Futuh-moskén tillhör ahmadiyyarörelsen och byggdes 1999. Där 21.000 kvadratmeter stor och rymmer upp till 10.000 personer åt gången.
Runt 18.30-tiden beskrev räddningstjänsten branden som under kontroll. Brandmän kommer att stanna kvar för att ta hand om efterarbetet.
Stephen Alambritis fullmäktige på stadsdelsnämnden Merton säger till BBC att branden troligen hade orsakats av matlagning.