Beskedet kom vid lunchtid under torsdagen, dock ska striderna mot IS fortfarande pågå i delar av ökenområdet, enligt den syriska armén.
”Befrielsen av staden al-Bukamal är väldigt viktig eftersom den signalerar det allmänna fallet av terrororganisationen Daeshs projekt i regionen” skriver armén i ett uttalande där IS omnämns i form av den arabiska förkortningen.
Inledde offensiv under onsdagen
Det var under onsdagskvällen som uppgifter kom om att Syriens armé och dess allierade styrkor inlett en offensiv mot terrorgruppen IS största återstående fäste i Syrien och Irak.
Staden al-Bukamal i östra Syrien omringades och ”intensiva operationer” mot jihadisterna i staden inleddes, enligt nyhetsbyrån Sana.
Uppgifter: Irakiska styrkor deltar
Enligt det brittiskbaserade oppositionella Syriska människorättsobservatoriet deltar också irakiska styrkor som korsat gränsen i offensiven, men Bagdad förnekar detta.
När IS var som starkast 2015 kontrollerade gruppen stora områden i främst Syrien och Irak och tryckte egna pengar, införde drakoniska lagar och planerade attacker över stora delar av världen.
Sedan dess har en USA-ledd allians samt en annan allians mellan regeringsstyrkor och miliser med ryskt understöd slagit hårt mot det självutnämnda kalifatet.