Mannen ska vara i 40-årsåldern och greps i Utrecht på tisdagseftermiddagen av en tungt beväpnad polisstyrka.
Polisen uppger i ett uttalande att man nu utreder vilken roll den gripne mannen ska ha haft i dådet, rapporterar AP.
Tre personer fick sätta liv till, och fem skadades när en gärningsman i måndags förmiddag öppnade eld på en spårvagn vid 24-oktober torget i Utrecht.
Bland dödsoffren finns en 19-årig kvinna och två män, 28 respektive 49 år.
Oklart kring motivet
Två av de sammanlagt fyra personerna som gripits har friats från misstankar och försatts på fri fot.
Den huvudmisstänkte, en 37-årig man född i Turkiet, greps efter en massiv polisinsats på måndagen. Mannens motiv är ännu oklart. Inga direkta kopplingar har hittats mellan honom och offren, meddelar polisen.
Ett brev som har hittats i 37-åringens flyktbil innebär att polisen inte kan utesluta att det rör sig om terror. Polisen har också tidigare lämnat en teori öppen, att gärningsmannen var ute efter en kvinna ombord på spårvagnen.