Enligt lokala medier var det på torsdagsmorgonen som man gjorde upptäckten i regionen Sinaloa i de nordvästra delarna av landet.
Utöver 50 ton narkotika visar foton släppta av den mexikanska militären hur produktionen av drogen har pågått i ett hemligt djungellaboratorium.
De tunnor och andra kärl med kemikalier som använts vid framställningen av metamfetaminet ska ha bränts upp på plats, enligt en presskommuniké, detta eftersom platsen är för svårtillgänglig.
Följde spår
Det var när man var ute på en patrulleringsrunda som trupperna upptäckte en okänd väg in i djungeln där fordon kört, rapporterar lokala medier.
Genom att följa spåren kunde de komma fram till det 500 kvadratmeter stora laboratoriet som uppges tillhöra en lokal drogkartell. Fyndet ska vara det största hittills i Mexiko vad gäller metamfetamin i landet som plågas av våld kopplat till narkotikahandel.