Regeringen har tillsatt en kommitté för att granska de politiska fångarnas fall.
– Alla samvetsfångar kommer snart att släppas, sade Thein Sein i radio.
Det gäller dock inte personer som dömts för våldsbrott med politiska motiv.
Hundratals politiska fångar har redan släppts i Burma, bland dem oppositionsledaren Aung San Suu Kyi. Bland de ledare i omvärlden som har krävt att politiska fångarna ska släppas finns Sveriges statsminister Fredrik Reinfeldt, som besökte Burma i november i fjol.