Soldater från de franska styrkorna och Afrikanska unionen har lämnat över fångar till de maliska styrkorna trots att de var medvetna om risken för tortyr, enligt Amnestys rapport.
Nya övergrepp rapporteras även från de islamistrebeller som fortfarande kontrollerar staden Kidal i norr. Enligt Human Rights Watch (HRW) ska de i början av juni ha attackerat hundratals invånare i staden.
Förhandlingar mellan Malis regering och rebellerna skulle ha inletts under fredagen.
