Landets president Rodrigo Duterte deklarerade redan i slutet av förra veckan att striden i Marawi hade vunnits, dock fanns fortfarande ett 30-tal stridande islamister kvar i staden.
På måndagen sa landets försvarsminister att även dessa hade dödats och att staden nu är helt befriad.
Den fem månader långa belägringen har kommit med ett högt pris.
Fler än 1.000 människor har dött i den filippinska staden och över 400.000 har flytt sina hem.