Minst 138 människor har omkommit monsunregnets spår, uppger landets militär.
Ganesh Godiyal, ordförande i en stiftelse som förvaltar flera helgedomar i städerna Kedernath och Badrinath, varnar för att antalet döda kan öka.
– Vi beräknar att över 1.000 människor dött eftersom det ligger icke omhändertagna kroppar överallt, säger han.
Slog till mot grannlandet
I Uttarakhand finns otaliga främst hinduiska tempel och helgedomar som lockar många pilgrimer. Delstaten kallas ibland gudarnas land. Myndigheterna räknar med att 65.000 pilgrimer i området är strandade på grund av ovädret.
Monsunregnet har också skördat dödsoffer i grannlandet Nepal. Enligt en regeringstjänsteman har minst 39 personer omkommit där. Dödssiffran i Nepal väntas också öka.