Beslutet offentliggjordes av Pollards advokat på tisdagen. När han friges kommer han att ha suttit 30 år i fängelse.
Pollard var underrättelseofficer i flottan när han greps för spioneri 1985. Han dömdes 1987 till livstid för att lämnat över uppgifter om USA:s spioneri på arabländer till Israel.
Israel har lobbat hårt för att få honom frigiven. Det spekuleras nu om att nådebeslutet fattats för att blidka Israel, vars regering är upprörd över att USA och andra stormakter slutit en överenskommelse med Iran om det iranska kärnenergiprogrammet.
USA:s utrikesminister John Kerry förnekade på tisdagen att det skulle finnas ett samband mellan Iranfrågan och beslutet att benåda spionen.