Det belägrade Douma har varit det sista rebellkontrollerade fästet i enklaven östra Ghouta, som tidigare hölls av olika väpnade grupper.
– Den hissade statsflaggan över en byggnad i Douma stad är ett uttryck för kontroll över den här platsen, och därmed över hela östra Ghouta, säger den ryske generalmajoren Jurij Jevtusjenko till ryska nyhetsbyråer.
Rysk militärpolis ska ha placerats ut i området som en ”garanti för lag och ordning i staden”, skriver ryska försvarsdepartementet i ett uttalande vidarebefordrat av nyhetsbyrån Ria.
13 500 rebeller har lämnat
Fler än 13 500 rebeller har lämnat Douma tillsammans med sina familjer den senaste månaden, enligt nyhetsbyrån AP.
Ryska försvarsdepartementet uppger att 1 500 rebeller har lämnat staden de senaste 24 timmarna.
Misstänkt kemvapenattack
Douma ligger öster om huvudstaden Damaskus och det var här en misstänkt kemvapenattack dödade flera människor i helgen. Enligt WHO har uppskattningsvis 500 personer fått ”symptom som tyder på exponering för giftiga kemikalier” efter attacken, som fördömts av omvärlden.
Den amerikanske presidenten Donald Trump har sagt att han håller Syrien och Ryssland ansvariga för attacken i Douma. USA, Frankrike och Storbritannien väntas svara med militära medel enligt flera bedömare.
Den brittiska premiärministern Theresa May har kallat till ett extra regeringsmöte om den misstänkta kemvapenattacken. Hon förväntas fråga efter godkännande för ett militärt deltagande, enligt brittiska medieuppgifter.