Ungdomarna var ute för att leta efter ved i en skog. Två av dem lyckades undkomma, enligt säkerhetskällan, som bekräftar tidigare uppgifter från den senegalesiska nyhetsbyrån APS.
Ungdomarna ska ha passerat buffertzonen som skiljer regeringsarmén från separatiströrelsen MFDC:s ställningar. Utöver de 13 döda ska nio ha skadats och förts till sjukhus, enligt APS.
30-årig kamp
Attacken kommer bara några dagar efter det att regeringssidan frigett två rebeller efter medling av den katolska organisationen Sant'Egidio, som har koppling till Vatikanen.
MFDC har i över 30 år fört en kamp för folkgruppen diolas självbestämmande gentemot den dominerande folkgruppen wolof i södra Senegal.