Premiärministern och presidenten var under lång tid allierade. Men i mars blev Mbabazi av med uppdraget som ledare för Ugandas regeringsparti Nationella motståndsrörelsen (NRM), samtidigt som Museveni valdes till NRM:s kandidat även i presidentvalet 2016. Det har funnits spekulationer om att den nu avsatte premiärministern hade hoppats utmana honom.
Den nye premiärministern Ruhakana Rugunda är en av Musevenis närmaste förtrogna, och har haft flera ministerposter.