Beslutet innebär att Trumps inreseförbud för de som reser från sex länder blir fryst tills vidare.
Det var delstaten Hawaii själva som tagit ordern om inreseförbud till domstol.
Juristerna som företräder delstaten menar att Trumps nya förslag, liksom det tidigare, strider mot USA:s konstitution eftersom det i grunden är ett muslimförbud.
Dessutom menar juristerna att inreseförbudet skadar Hawaiis turism och möjlighet att rekrytera framgångsrika talanger till delstatens universitet och företag, rapporterar Washington Post.
”De kommer överklaga”
Men Trump-administrationen väntas inte acceptera domarens beslut, menar SVT:s USA-korrespondent Carina Bergfeldt.
– Trumpregeringen kommer att överklaga. Det kan gå så långt som till sista instans, Högsta domstolen.
Detta löfte kom också från presidenten snabbt efter att domen fallit.
– Enligt mångas åsikt är det här ett juridiskt misstag utan motstycke, sa Trump vid ett valmöte i Nashville, syftandes på domen.
Donald Trump presenterade den 6 mars ett omarbetat inreseförbud, efter att hans tidigare stoppats i domstol. De nya reglerna skulle ha börjat gälla i morgon och vara i 90 dagar framåt.
Kan tas upp igen redan om några veckor
SVT:s USA-korrespondent Carina Bergfeldt säger att Trump-administrationen vill överklaga stoppandet av inreseförbudet snabbt.
– Man har bett om ”skyndsam service” på det här ämnet så det kan tas upp i en appelationsdomstol redan om två-tre veckor, säger Carina Bergfeldt.
Ett överklagande kan också dra ut på tiden. Donald Trump nominerade nyligen Neil Gorsuch till ny domare i Högsta Domstolen och det är inte säkert att domstolen vill ta upp ärendet innan det är klart med ny domare.
– Så det kan också dra ut på tiden till maj eller juni, säger Carina Bergfeldt.
Frågan om inreseförbudet splittrar USA och är väldigt viktig både för Trumps anhängare och hans motståndare.
– Bråket kommer att fortsätta och båda sidor är väldigt stridslystna, säger Carina Bergfeldt.
Irakier får resa fritt
Den omarbetade presidentordern var en mindre bearbetning av det gamla inreseförbudet, som gällde medborgare i sju länder som sas utgöra ett terrorhot: Irak, Syrien, Jemen, Somalia, Sudan, Iran och Libyen.
I den nya presidentordern är det dock fritt fram för irakiska medborgare att resa till USA som vanligt. Medborgare från de resterande sex länderna påverkas av beslutet.
Formulering om ”religiösa minoriteter” borta
Nytt är också att samma regler gäller för människor från Syrien som de övriga länderna på listan. Tidigare ville Trump att beslutet skulle gälla på obestämd tid för syrier.
– I det första förslaget från Trumpregeringen fanns också en skrivning om att ”religiösa minoriteter” skulle prioriteras vid visumansökningar. Det tolkades som att kristna minoriteter skulle undantas. De länder förbudet gäller har en övervägande muslimsk befolkning. Den skrivningen kritiserades av domare i förra vändan och de kunde därmed stoppa förslaget, säger Carina Bergfeldt, och fortsätter:
– Men i den nya lagen är den meningen borttagen. De två domstolarna kan dock hävda att det fortfarande saknas bevis för att de utpekade länderna har en extra farlig befolkning som kan hota USA:s säkerhet.