Morales har anklagat bolivianska säkerhetsstyrkor för ”folkmord” mot hans anhängare i grupper inom ursprungsbefolkningen och vädjat till omvärlden att ingripa.
Den nytillträdde inrikesministern Arturo Murillo spelade i onsdags upp ett inspelat telefonsamtal inför ett pressuppbåd, där en röst som han tillskriver Evo Morales uppmanar en oppositionell ledare i Bolivia att blockera och omringa städer så att livsmedel inte når fram till befolkningen.
– Vi yrkar på maxstraffet för uppvigling och terrorism, säger Murillo på fredagen, efter att en formell anmälan lämnats över till federala åklagare.
Maxstraffet är 30 års fängelse.
Evo Morales befinner sig i exil i Mexiko och avfärdar anklagelserna som en ”fars”. Socialistledaren lämnade landet efter att resultatet i presidentvalet den 20 oktober ifrågasattes och protester blossat upp över hela Bolivia. Högerpolitikern Jeanine Áñez har tagit plats som interimspresident.