I ett uttalande säger försvarsministern att han själv inte har gjort något fel, men att han tar ansvar för de misstag som institutioner under hans ledning har begått.
Enligt honom arbetade säkerhetspolisen aktivt med de varningar de hade fått inför attentatet, men parlamentets ledare Lakshman Kiriella menar att kommunikationen kring varningarna brast.
På onsdagen uppmanade president Maithripala Sirisena både Fernando och polischefen att lämna sina poster. Hemasiri Fernando kommer dock att sitta kvar tills en ersättare hittats.
Åtta misstänkta identifierade
Över 300 människor miste livet och 500 skadades när självmordsbombare attackerade kyrkor och hotell på påskdagen på flera håll i Sri Lanka. Bland annat ska indisk säkerhetstjänst ha försett myndigheterna med detaljerade uppgifter om att terrordåd förbereddes mot kristna kyrkor.
Närmare 60 misstänkta har gripits efter terrordådet. Nio självmordsbombare tros ha utfört attackerna, åtta har identifierats enligt regeringen. De är samtliga lankesiska medborgare, högutbildade och ekonomiskt välbeställda. En av dem ska ha studerat juridik i Storbritannien och Australien.