Konstitutionsdomstolen, som är Guatemalas högsta domstol, uppmanar president Jimmy Morales att lösa frågan genom diplomatiska kontakter med Sverige, rapporterar tidningen El Periódico.
Anders Kompass tillträdde hösten 2017 tjänsten som Sveriges ambassadör. I början av maj 2018 meddelade Guatemala att Anders Kompass hade 30 dagar på sig att lämna landet.
Han anklagades för att ha lagt sig i landets inre angelägenheter.
– Ni vet alla mycket väl att ambassadör Kompass har sagt att hela det guatemalanska samhället är korrupt, och det accepterar och tolererar vi inte, för det stämmer inte, sade Sandra Jovel, utrikesminister i Guatemala, på en presskonferensen.
Efter utspelet kallades Guatemalas ambassadör till UD.
Utrikesminister Margot Wallström har beskrivit händelsen som ”mycket olycklig”, och att UD skulle söka ytterligare förklaringar från Guatemalas regering.
Stängdes av från FN
Anders Kompass blev känd för en bredare allmänhet efter att han stängts av från sin post på fältavdelningen inom FN:s kontor för mänskliga rättigheter 2015.
Detta efter att han larmat om att FN-soldater misstänktes ha begått sexuella övergrepp mot barn i Centralafrikanska republiken, händelser som han befarade annars skulle ha tystats ner.
I fjol fick han Svenska FN-förbundets utmärkelse Årets FN-vän för sina insatser som visselblåsare.